Retour en Ligue 1 et en Coupe d'Europe

Le club fait son retour parmi l'élite pour la saison 1994/1995 et atteint cette même année la finale de la Coupe de la Ligue. Cette époque est marquée par le travail de Frédéric Antonetti, c'est lui qui s'occupe du centre de formation de 1990 à 1994 permettant ainsi au club de voir éclore de nouveaux talents (Morlaye Soumah, Laurent Casanova, Cyril Rool).

Il prend ensuite en charge l'équipe première de 1994 à 2001 (avec un intermède d'un an en 98/99) participant ainsi au recrutement de joueurs tel que Lubomir Moravcik, Pierre-Yves André, Frédéric Née, Franck Jurietti ou Anto Drobnjak. Ce dernier terminera 3 années de suite meilleur buteur du club. À la fin de la saison 95/96, il est d'ailleurs deuxième au classement des buteurs du Championnat de France avec 20 réalisations. À une unité seulement du meilleur buteur Sonny Anderson⁴.

Lors de la saison 96/97 le club termine à la 7^e place du Championnat de France à seulement 3 points du podium, se qualifiant ainsi pour la Coupe Intertoto. Le club remporte cette coupe en 1997, et fait donc son retour dans la Coupe de l'UEFA pour la saison 97/98. Le SC Bastia élimine d'abord le Benfica Lisbonne en 32^e de finale avant de tomber face auSteaua Bucarest au tour suivant. Cette élimination laissera un goût amer compte tenu de la domination bastiaise observée sur les deux matches⁵. Les performances du SC Bastia en championnat dans les années suivantes lui permettront de se qualifier deux nouvelles fois pour la coupe intertoto, en 1998 et 2001, sans toutefois parvenir à se qualifier de nouveau pour la Coupe UEFA.

Après le départ de Frédéric Antonetti en 2001, le club n'arrivera plus à terminer dans les 10 premiers du Championnat de France. Il atteindra malgré tout la finale de la Coupe de France de football 2001-2002, avec un certain Michael Essien au milieu de terrain, futur joueur de l'OL puis de Chelsea.

De 2002 à 2005 les entraineurs se succèdent. Robert Nouzaret, Gérard Gili ou le duo François Ciccolini / Michel Padovani ne parviennent pas à maintenir l'équipe à son niveau, le classement s'en ressent année après année (voir la section historique championnat). Le recrutement est axé sur des habitués de la Ligue 1 comme Tony Vairelles, Florian Maurice,Franck Silvestre, Lilian Laslandes (tous internationaux) ou encore Cyril Jeunechamp.

À la trêve hivernale de la saison 2004/2005, le club est en position de relégable. Le staff du SC Bastia tente son va-tout en recrutant Christian Karembeu, Champion du monde 1998à la recherche d'un dernier challenge⁶. Le SC Bastia sera malgré tout relégué en Ligue 2 à l'issue de cette saison après 11 années consécutives en ligue 1.